故事重返上世纪90年代，终极反派宇宙大帝（科尔曼·多明戈 Colman Domingo 配音）从天而降，驱使以天灾（彼特·丁拉基 Peter Dinklage 配音）为首的恐惧兽掀起地球危机。绝境之中，蛰伏许久的巨无霸终觉醒，联合汽车人变形出发，一场前所未有的决战即将上演。

　　故事重返上世纪90年代，终极反派宇宙大帝（科尔曼·多明戈 Colman Domingo 配音）从天而降，驱使以天灾（彼特·丁拉基 Peter Dinklage 配音）为首的恐惧兽掀起地球危机。绝境之中，蛰伏许久的巨无霸终觉醒，联合汽车人变形出发，一场前所未有的决战即将上演。

　　汽车人和霸天虎的战斗绵亘了几个世纪都未曾结束，而他们的后代——巨无霸和原始兽，更将新一轮的战斗推向了史前时代。在寻找新能源的途中，霸王龙（David Kaye 配音）指挥原始兽通过时空跳跃来到史前地球，而巨无霸也在擎天圣（Garry Chalk 配音）的带领下尾随而至。双方的拉锯战仍在继续，不久连早已盘踞在该星球的外星人沃克人也卷入其中。而穿越时空者身上承载的未来的信息，让外星人大为惊恐，由此使得战斗更加激烈。在此之后，霸王龙发现了汽车人留在地球的战舰方舟号，为了改变霸天虎战败的历史，他们试图摧毁处在沉睡中的擎天柱。
　　攸关全宇宙命运的战斗，在远古时代提前拉开了序幕……

　　故事发生在变形金刚的母星塞伯坦，聚焦变形金刚的青年时代，讲述汽车人领袖擎天柱（克里斯·海姆斯沃斯 Chris Hemsworth 配音）与霸天虎领袖威震天（布莱恩·泰里·亨利 Brian Tyree Henry 配音）从手足走向反目的故事，打响旷日持久的塞伯坦之战。