《果酱短片集》由七位日本影坛一线导演拍摄而成，共七部短片。《地狱使者》由北村龙平导演，被称为“The messenger”的黑衣女子神代忧子（鱼谷佳苗饰）出现在报废的大厦房间时，独身强盗权藤（北村一辉饰）的命运由此受到了冲击，极富魔幻色彩；《正义》行定勋导演描写一个正值青春期的男生东条（妻夫木聪饰）被操场上体育课的女生所吸引的故事；《阿里塔》由岩井俊二导演，讲述女孩（广末凉子饰）跟自己幻想出来的“阿里塔”之间的成长故事；以及筱原哲雄执导的《剑玉》、坂田让治导演的《冰冻》、堤辛彦导演的《羊栖菜》和望月六郎导演的《潘朵拉》。
　　七部短片各自取材编排，情节各异。也有众多日本著名演员参演，共同演绎这七部电影，七处生活。

　　1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。
　　另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美 饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职，由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬 饰）就任新首相。同时，茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。
　　就在准备机龙测试机动时，哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走，在城市中造成了大破坏。
　　为了改良机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造，使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由于对再次暴走的担忧，五十岚迟迟不允许出动机龙。
　　哥斯拉再度出现在东京湾，一路无视特生自卫队的攻击来到了品川，令城市变成了一片火海。面对如此情景，五十岚终于同意让机龙出动。
　　为了打败哥斯拉，机龙被送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。