在第二部里，包拯（陆毅 饰）已经褪去了初生牛犊不怕虎的生涩和冲动，而成了稳重有担待的县城父母官，偏安一隅为民请命。这天收到皇上急召回京，查办收受贿赂贪污的官员接连连续死亡的案件。少年包青天再次出动，而沿路上在各个案件里遇见的王朝马汉、张龙赵虎，日后都会是我们熟悉的大名鼎鼎的包公身边的护卫人物。公孙策（任泉 饰）已然拜服在包拯的聪明才智下，甘愿辅佐他办案。这次遇见的姑娘的是惯偷小蜻蜓（范冰冰 饰），活泼捣蛋的她一直身份神秘，直到案件去到大画家冯止水事件，大家才明白小蜻蜓的身世悲惨：收养她的义父自小视他如己出，为她亲笔作画《牡丹亭上的少女》，内藏一秘密。后来失踪于江湖再无音信，多年来小蜻蜓用尽办法找寻义父下落皆无消息，这次唯有希望包拯能查出事情真相。

　　二０００五年月二日早晨七点，北环市龙头堡大街行人匆匆。在人行道上，几十个正方形的冷冻小肉块被往来的人在脚下踢去，马上过去打扫，但是心里忽然一惊。老张曾经当过派所所长，极具工作经验，他感觉这些冻的硬梆梆的肉块简直是人肉，于是急心报警。 　　华林分局刑警大队经老祖宗技术勘验，证实这些肉块不时牲畜的肉而确实是人肉，死者为中年男性，系服用了大量安眠药之后被人活活放在冰柜里冻死，然后是，这个离奇曲折的连环杀人案就此揭开了序幕。 　　由于没有发现死者头部，而全市又没有接到失踪男性的报案，所以无法确实殆者身人份，案情很快陷入僵局。然而，离奇的事件却层出不穷。不久，两位杭州客商在北环被子骗走价值百万的手机后，又被白色胶带捆绑窒息死亡。女大款戴月琴离奇地煤气中毒而死。同性恋者魏英民又被子烟灰缸砸死在寓所。公安干警经过分析研究，认定这几起案件之间有一定的内在联系。然而 ，尽管专案组夜以继日奋战，连破数案，抓获了很多犯罪分子，但由于罪犯是被我公安队伍开除的前刑警，极具反侦查意识，使这些本都是他精心谋划，借刀杀人的案件看上去和本案没有任何直接关系。不久，钓鱼协会的一位会员在庆云湖中钓起一颗腐烂的人头，也和本案无关。一时专案组陷入重重迷雾之中，面临极大压力。 　　华林分局弄警大队在大队长刘践的带领土下绞尽脑汁，另辟蹊径，他们将冷冻尸块精心拼凑在一起，终于恢复了死者被冷冻时的身体形态 ，据此经过一系列试验和测量，技术专家终于恢复了死者被冷冻时的身体形态，据此经过一系列试验和测量，技术专家 终于做出惊人结论，死者只能是被一种冰柜冰冻而死，那就是洋１８５立升冰！侦察员据此走遍北环市大街小巷，查遍数年来购买该型号冰柜的所有客户,终于在一家小饭店查明了死者身份，他就是海螺娱乐城总经理赵大洪。案情急转直下侦察员根据赵大洪流氓成性，周围的不少风流女性及具男友均有害赵的嫌疑，逐个 摸查，一一排排除，终于摸到罪犯杨海涛的女友林雅云，就是前边侦破案件中断头线索那个神秘的穿黄色连衣裙的女人。 　　林雅云知道男友是杀人犯以后，出走尼姑庵 ，刑警大队长刘践动之以情，晓之以理，很快将林雅云攻破，并以林为饵，调出隐藏极深的罪犯杨海涛，当杨感到林的电话是诱饵时，公安干警已经将他的住所包围。这个冷冻碎尸，数次抛洒街头，挑战公安，并数次杀人灭口，穷凶极恶的高智商罪犯终于被子擒获。干警们连连出击，历尽艰辛转战陕西、安徽、广州、河南、和宁夏数不清省，在各省兄弟单位 的大力配合下，运用现代化侦破手段，一举破获了以杨海涛为首的这个极端残忍和极具反侦查经验的犯罪的罪集团 ，所有案犯一网打尽！本案由于其案件犯罪的奇特性与破案的高超智慧性，被子作为经典案例列入公案部教材档案。

　　重案Ⅵ组成员包括曾克强（李成儒 饰）、季洁（王茜 饰）、江汉（董勇 饰）、白羚（高榕 饰）和黄涛（张林 饰），前三位在破案一线工作多年，后两位刚跨出警校大门。他们在局长（张潮）指示下，侦破了一起起凶杀、爆炸、投毒、绑架、抢劫、截肢……案件。但神勇冷面下，五人亦有柔情和心事。
　　曾克强某次侦案 时因迟来一步令队友被杀，发誓要抓到凶手却总不能如愿；季洁要与男友踏上红地毯前夕，发现他与妹妹有染；白羚和黄涛的侦案知识多来源于书本，实战经验的缺乏常令他们拖整队的后腿……而五人也因性情不一常有矛盾产生。但有案要侦时，五人又总能迅速调整状态，将缉凶视作第一。

　　在平静的天湖岸边，白浪滩突现浮尸，疑雾重重，这到底是谁干的呢？实力雄厚的 北方公司当家人老太太离奇死亡，干警们经过调查，怀疑凶手就是她的儿子，但他 又突然被人谋杀，整个案情更加扑朔迷离。周围的每一个人都可能是凶手，到底谁 是真凶，你可能永远都意想不到！

　　凌若风、凌若雨姐妹因父母在海关缉私行动中遭受犯罪集团伏击成为烈士遗孤。10年后，当姐妹俩赴墓地告慰先灵时，却惊异地发现一束从未见过的蓝色马蹄莲！色彩怪异的马蹄莲出现后，姐妹俩宁静的生活即被搅乱，陷落进神秘莫测的旋涡。
　　凌若风任院长的福利院，突然发生2号病，婴幼儿相继死去。作为肠道感染病，福利院排除了食物中毒的可能，专家无法找出感染源控制疫情；而身为国资办检查主任的凌若雨，其管理属下的恰威斯集团国有资本急骤萎缩，支柱产业相继倒闭。福利院的霍乱病系婴幼儿的床上用品所致。这些肇祸的污染棉，竟是恰威斯集团的捐赠品！
　　凌若雨和她的男友工商检查队长韩大为联手，企图通过污染棉的调查，揭开恰威斯名牌产品悉数被人假冒而致企业倒闭，国资萎缩之谜。但一连串的怪事却接踵而至。
　　污染棉货主魏嘉民得到电话预警，越窗潜逃，前来质询的检查队员却与假冒公安刑警的杀手对面遭遇。韩大为和凌若雨险些被枪崩了脑袋，还蒙在鼓里。私营业主柳云飞在市场兜售假棉，传讯她接受处理的副队长周天宇，却为几句体己话而对其从轻发落。恰威斯后勤部长贾之光涉案受贿120万，工商部门欲提请检查立案，总经理赵永红以促成其子赚进80万美金为条件，敦促贾之光抢先自首，包揽一切责任。主犯魏嘉民在异地被捕，不料押解途中，竟被一枪击毙！
　　污染棉勘查线索因此中断，以恰威斯集团补偿福利院160万人民币而不了了之。
　　周天宇急于追逼索要魏嘉民账册的举动，引起凌若雨对这义兄的怀疑。生性执着的她，终于在帐册的夹缝里找到了蛛丝马迹：恰威斯与死者有染，以低廉的价格向其收购、倾销假货。但华山、赵永红等总部领导却以周天宇亲自监督的工商检查为凭，证明自身清白。
　　恰威斯棉被厂又遭噩运，韩国大宇公司籍口2号病事件，无条件中止购销合同，使棉被厂库存堆积，濒于破产，交由私营业主柳云飞承包。心急如焚的凌若雨在党组书记郑菱的启示下，认识到恰威斯国资萎缩的主要原因是不法商人假冒其名牌，挤兑市场，造成恰威斯名牌产销蹇滞而渐趋崩溃。为此，凌若雨决心以公职律师身份，出任恰威斯企业打假团法律顾问，与工商、公安、检查机关联手“打假”。此举一出，惊涛骇浪扑面而来……