若竹玛丽离开祖母，进入了海边的全寄宿制名门女校就读，在去学校的途中，她看到了一位伫立在鸽群中的少女。原来那位少女是入侵地球的舰队舰长——萩乃。而此时的萩乃已经是学校里人人憧憬的学校干部。
　　这两人的相遇是偶然还是必然？互相对抗却又互相吸引的两个人，他们的心渐渐重叠在一起……

　　物理学家海因茨·施奈德遇害事件的重大嫌疑犯爱丽丝被黑道悬赏了巨额赏金。
　　女性赏金猎人娜蒂在墨西哥遇到爱丽丝，但她不是来逮捕爱丽丝的，而是奉主雇的要求来保护爱丽丝的。
　　爱丽丝要去南方的故乡，娜蒂决定陪伴爱丽丝一同前进，但是大路前方，是赏金猎人里卡多、神秘少年L.A的埋伏，而娜蒂的主雇茱迪小姐，也似乎有所隐瞒。学者道格拉斯·罗森伯格则按兵不动，似乎一切都在他的计划之中。
　　魔女的传说，路途的危机四伏，娜蒂与爱丽丝能到达她们的目的地吗？

　　本动画由《座敷童子》《海坊主》《无脸怪》《鵺》《化猫》五个故事组成，背着一个大药箱、持着一把退魔之剑的卖药郎（樱井孝宏 配音）是每一个故事的联结者。妖怪的形成，是由人类的种种因缘引起的；要想拔出退魔之剑，就必须要凑齐“形、真、理”。“形”即由人的因缘所引起的妖怪的形态；“真”即事件的真相；“理”即当事人心里真实的想法。
　　雨夜里，一名怀孕女子来到旅馆投宿，老板娘将她安排到一个从不住人的房间里。同时，有个追杀此名女子的男人也来到旅馆。不久后，奇怪的事情发生了。卖药郎得知妖怪的“形”乃怨灵“座敷童子”，而“真”和“理”究竟是……在卖药郎的询问下，老板娘说出了多年的真相，原来这家旅馆的前身是青楼，而这个房间，竟然是……

　　安冈紫音（川澄绫子 配音）有着非常悲惨的童年，双亲惨遭凶手杀害，而年幼的她则成为了唯一的目击证人。因为受到过度的惊吓，紫音失去了说话的能力变成了哑女，住在隔壁的将棋职业棋手安冈信次无法对无家可归的紫音置之不顾，于是收留了她。就这样，紫音来到了安冈家，开始接受将棋训练。
　　出生于富贵之家的千金大小姐二阶堂纱织（水野理纱 配音）、男扮女装的斋藤步（朴璐美 配音）、温柔善良的久谷彻，在学习将棋的道路上，紫音结识了这些值得信赖的伙伴们。与此同时，紫音也从未放弃过追踪父母死亡的真相，她发誓要将双手沾满鲜血的凶手捉拿归案。

　　我们每天生活在一个似是而非的世界中。但是，在这喧嚣的都市的某个角落，弥漫着特殊神秘的气氛。这里有一个与我们的的世界完全不同的世界。在这个世界的街上，无数的屏幕被放置在街头，传达着政府的意志，给他们提供各种各样的情报。这是一个市民被情报支配的高度发达的井然有序的社会。
　　而且，这个世界遭受来自宇宙各种各样生命“外星人”的侵略，他们不仅具有模仿人类的能力，而且能溶于任何物质和风景当中，潜伏在街道上。他们不仅能够理解我们人类的语言，而且可以用一种完全不同的交流手段交流。
　　但是他们之中有人伺机寻找侵略地球甚至灭亡人类的机会。为了防御来自宇宙的侵略，世界成立了一个凝结了世界最尖端科技的特别搜查队DEUS，那些DEUS的代理人，平时都潜伏在街道上，作为一般的市民生活，当发生了特殊事件后就接到指令，马上赶往事发地点，几个人一组执行任务。代理人之间都不知道真名，以代号互相称呼。
　　这到底是一个怎样的世界，为拯救这个世界而出现的红色巨人赛文X到底是谁，这就是贯穿全剧的最大的谜团
　　这故事的主人公仁，是DEUS的代理人。但是他丧失了自己以前所有的记忆。他为什么在这里？为什么被叫作“仁”这个代号？有自己到底是谁呢？
　　但是他根本无暇考虑这个，他就被卷入了与外星人的战斗之中。那谜一样的女人艾丽亚给她的红色的眼镜的目的是什么呢？
　　他最后能不能知道所有事情真相呢……

在死神界有留克的死神追加了讲述月亮的场面。
伊出不登场。
随着夜神总一郎心脏病发作的场面被删除，他在第二次基拉事件时看电视的地方也从医院的病房变成了街头。
月和L的初次见面的地方变更为放映室。
L想到了基拉对第二个基拉的回答。
松田误入松柏集团会议室时做弥撒的地方，从工作间改到搜查本部的房间。
在雷姆消失的场面中，留下雷姆笔记本的描写和月亮拾到笔记本的描写被删除，第三本笔记本的情节全部被省略，与《光环2》相连接。
L的墓前，追加了日本搜查本部的成员宣誓的场面。
部分干部的死因，从心脏麻痹一律改为个别死因。
三堂从建筑物坠落死亡。
纸村伫立在车站的铁轨上，被电车轧死。
奈南川是交通事故。

　　在那座歌剧院发生了第三起杀人事件！即将被拆迁的歌剧院中，一群有缘人被招待观赏最后的公演，同样被招待的金田一一、七濑美雪、剑持警部三人也再次被卷入其中。『今晚，歌剧院最后之夜，将上演两具尸体所点缀的华丽最终章』，魅影发出了如此危言耸听的预告信……
　　在去温泉途中迷路的金田一一、七濑美雪、剑持警部三人，来到了废墟之村——舞兰村。这个村庄发生了遗留的吸血鬼传说引起的谜样杀人事件。吸血鬼的魔爪追逐美雪而来，阿一能够解决这起案件吗？

在死神界有留克的死神追加了讲述月亮的场面。
伊出不登场。
随着夜神总一郎心脏病发作的场面被删除，他在第二次基拉事件时看电视的地方也从医院的病房变成了街头。
月和L的初次见面的地方变更为放映室。
L想到了基拉对第二个基拉的回答。
松田误入松柏集团会议室时做弥撒的地方，从工作间改到搜查本部的房间。
在雷姆消失的场面中，留下雷姆笔记本的描写和月亮拾到笔记本的描写被删除，第三本笔记本的情节全部被省略，与《光环2》相连接。
L的墓前，追加了日本搜查本部的成员宣誓的场面。
部分干部的死因，从心脏麻痹一律改为个别死因。
三堂从建筑物坠落死亡。
纸村伫立在车站的铁轨上，被电车轧死。
奈南川是交通事故。

　　從人類的足跡踏出太陽系，開始在地球以外的行星殖民之後，宇宙間慢慢出現了許多獨立的行星國家。為了維持基本秩序，並避免星際間的摩擦惡化成宇宙戰爭，各獨立行星政府達成協議，成立了類似於聯合國的組織－「宇宙行星聯合」，以保障全人類的安全、自由與和平。當各星系在「宇宙行星聯合」有效的維持之下逐漸繁榮，隨著而來的就是日趨明顯的經濟交流。為維持經濟公平原則以確保各方面利益，宇宙行星聯合特別設立了GOTT （Galactic Organization of Trade and Tariffs銀河商業關稅機構），作為監督各行星國家間關稅與貿易交流，並查緝相關不法行為的執行機構。而GOTT中擁有各種特殊能力、兩人一組負責在最前線執法的特警，就稱為ES MEMBER。 星歷328年 （西元二十五世紀），人類建立第一個殖民行星三百多年後，正是ES member大活躍的時代。Kiddy Grade中的兩位女主角－性格開朗直腸子的艾克蕾爾，與外表青澀但成熟冷靜的琉美艾爾，正是GOTT中神秘的ES member特警之一。從她們嬌柔的外貌，完全無法想像艾克蕾爾是破壞力與速度超絕的怪力少女，而琉美艾爾則是身負能與超級電腦匹敵的情報處理能力、還能從指尖放出光線操作各式電子設備的活電腦。當他們接到任務出動之後，故事就在觀眾的面前拉開了序幕...