奥尔法兽事件过后，随着时间流逝，御台场地区也渐渐复兴著。
　　“回到日本之后，我就决定一定要去大大的澡堂泡澡！”因为美美这句话，加上为了欢迎新加入的伙伴芽心和缅因猫兽，大家前往附近的温泉主题公园。虽然度过了一段开心的时光，但是这儿并没有阿丈的身影。
　　面对高考临近的事实，他在高考和“被选召的孩子们”的使命之间产生了烦恼。“为什么又必须是我们去面对啊？”
　　这个时候，在御台场再度出现了感染的数码宝贝、这是拥有着高傲灵魂的奥加兽。而看着电视中奥加兽的暴走，美美和巴鲁兽决定出击。“必须要让人们知道，也有好的数码宝贝！”
　　然而，美美和巴鲁兽无视光子郎而参与的战斗，却造成了意想不到的结果。各自怀揣烦恼的阿丈与美美。在月岛综合高中文化祭当天，一个男人出现在了他们面前。
　　如今，冒险再度进化……

　　宇宙世纪0068年，居住在SIDE3的慕佐自治共和国议长发表完《完全独立宣言》后意外身亡，由此引发了连番的动乱，许多人的命运也就此发生根本转变。转眼来到宇宙世纪0074年，爱德华·玛斯（池田秀一 配音）以夏亚·阿兹纳布的身份进入吉恩自治共和国国防军官学校学习。在那里，他与来自SIDE3的名门子弟格尔玛（柿原彻也 饰）互相赏识，成为模拟好友。
　　宇宙世纪0077年，学生们揭竿而起，发起了针对地球联邦军的武装起义。对夏亚来说，他的复仇也由此拉开序幕……

　　我闻悠太（梶裕贵 配音）是一位胸怀大志的高中二年级学生，他的理想就是一夜暴富。为了实现自己的梦想，悠太一直经营着一个名为“轻轻松松破假象”的人气博客，致力于用科学的方式来解释一切超自然灵异现象。这个博客的存在令一波古怪而又狂热的角色们走到了一起。
　　天真浪漫，能够和人迅速拉近距离的灵媒成泽棱歌（佐仓绫音 配音）、在网络上有着极高人气的占卜师相川实优羽（吉田仁美 配音）、冷若冰霜的黑魔术代行红之亚里亚（泽城美雪 配音）、能够预知未来的工口漫画家西园梨梨花（能登麻美子 配音），在这些怪人的围绕之下，悠太还能够理直气壮的表示，超自然现象并不存在吗？