1990年，一艘巨大的飞船出现在地球上空，人们惶恐不安，却又分外好奇。经过一段时间紧张的等待，外星飞船始终没有动静。人类终于小心翼翼靠近它，强行走进舱内，结果发现了不计其数的外星人。他们形容丑陋，宛如虾子，而且健康状况极差，虚弱无力。原来这是一群来自外星的难民，他们最终被地球人接纳，并隔离在南非约翰内斯堡的一片区域内生活，此地名为“第九区”。经过长达20年的繁衍，外星难民的数量扩张至180万之多，且和周边人类的矛盾冲突不断，越来越多的人类呼吁将“大虾”赶出地球。
　　MNU（列国同盟组织）经过磋商，决定将外星难民迁移到更为偏远的区域。MNU外星事务部门的特工威库斯（Sharlto Copley 饰）专门负责搬迁工作。威库斯在动员过程中傲慢随意，与当地居民冲突频频。最终，他为自己的行为付出代价，外星人的神秘流体将其感染，威库斯慢慢变成了外星人的模样……

　　未来世界，随着科技的飞速进步，地球的污染也越来越严重。为了遏制这种现状，一家名为月能工业有限公司的企业应运而生。该公司致力于月球能源的开发，通过采集氦-3来满足地球对能源的需求。月能公司在月球设有基地，山姆·贝尔（山姆·洛克威尔 Sam Rockwell 饰）正是该基地 上唯一的工作人员。山姆是公司聘用的合同工，他已在月球孤零零地生活3年，陪伴他的只有智能机器人戈蒂（凯文·斯派西 Kevin Spacey 饰）。枯燥乏味的生活令山姆归心似箭，在还有两周就离开月球的时候，山姆偶然遭遇一起事故。醒来后的他发现戈蒂似乎对其有所隐瞒，公司高层也拒绝他的回程请求。山姆借机逃出基地，却在事故发生地点发现另一个自己……
　　本片荣获2009年爱丁堡国际电影节最佳英国影片奖、2009年西雅图国际电影节最佳男主角奖。

　　2010年秋，世卫组织官员小林荣子（檀丽 Rei Dan 饰）随队前往菲律宾扑灭禽流感，疫情很快得以控制，但仍有感染者私自离开疫区……次年，东京都的某家市立医院，医生松冈刚（妻夫木聪 Satoshi Tsumabuki 饰）收治的一名高烧病人入院后情况急转直下，咳血而死，病人家属与部分医生亦因感染而病倒。同时，近郊一家养 鸡场内检测出禽流感病毒，场主神苍及女儿（池肋千鹤 Chizuru Ikewaki 饰）的平静生活被打破。
　　小林荣子受命至此指导防疫，旧相识松冈担任其助手。疫情迅速扩散，一月之内病亡人数达到两千，各地出现恐慌，引发国际关注，政府迅速将疫区封锁。松冈偶然之下得知病毒源头可能另有所在，国外传回的检测结果支持了他的判断，松冈决定远赴国外查找病源。在空前的疫情中，松冈、小林以及神苍每个人都将面临自己选择的考验。

　　2000年血腥除夕夜，贤知（唐泽寿明 饰）一派拼尽全力阻挠“朋友”的人类灭绝计划，但他们的反抗以失败告终。是夜过后，贤知一派被诬为屠杀人类的恐怖分子，而“朋友”则堂而皇之成为了救世主，为万众膜拜和敬仰。
　　2015年，贤知的甥女远藤神乃（平爱梨 饰）已成长为特立独行的青春女孩，她十分反感教科书对舅舅的污蔑，经常和老师发生争论。最终，校方决定将她和另一位曾对血腥除夕夜提出质疑的女孩小泉响子（木南晴夏 饰）送入“朋友乐园”。与此同时，曾在“朋友乐园”接受改造的异装癖男子偶然得知“朋友”的秘密，被警方杀害。目睹这一幕的神乃决定进入“朋友乐园”一探究竟。
　　另一方面，新的万国博览会将在日本召开，罗马教宗亦会在此时造访日本。被关在萤火虫集中营的阿区（丰川悦司 饰）越狱而出，贤知一派幸存的同志们纷纷聚首。在这个暗潮汹涌的时刻，人类的命运将再次改写……
　　本片根据浦泽直树同名漫画改编。
　　（影片简介中涉及的人名均以原著漫画中文版翻译为准）